逃出长安之后，黄巢率15万大军来到河南，他派心腹爱将孟楷率4万人攻击蔡州（今河南省驻马店市）。秦宗权，趁黄巢之乱，杀掉当地节度使，朝廷忙着平叛无暇顾及他，便任命他为新任的蔡州节度使。秦宗权率兵3万迎战，被孟楷打败，他原本就不忠心李唐朝廷，直接就投降了黄巢，还为黄巢出兵出粮，助纣为虐。

黄巢的下一个讨伐目标就是叛徒朱温，黄巢和孟楷说：“一想到朱温这个叛徒，不仅反叛于我，还派兵攻打我，气的我牙痒痒，真想生吞活剥了这厮。令你速速领兵5万，攻取汴州（以后均称开封），我想用朱温的头饮酒。”孟楷包围了开封，此时的开封城内，朱温的军队只有两万人，但足够守城了。孟楷昼夜不停率军猛攻开封城，朱温则死命守城，一连相持了几天。朱温便想到一计，他把孟楷猛攻的东城门换成3000老弱残军，还把城门的门闩换成容易撞开的木头。第二天，孟楷的先锋部队只用了两个时辰便轻而易举的攻占了东门，孟凯率四千兵马先行入城，而此时，朱温的伏兵四起，他亲率3000精锐士兵从正面对孟楷发起攻击，部将张存敬、牛存节各率1000人从左右包抄了孟楷军，亲信朱珍率3000人从南北两面夹击东城门上的孟楷军，部将庞师古率领一千五百敢死队，硬撑着孟楷军的双面夹击，浴血奋战在开封城下把东门用牢固的门闩给顶了上去。此时朱温对孟楷已形成关门打狗之势，孟楷苦战不敌，便要投降了朱温，朱温假意接受投降，等孟楷军队放下武器，就令人杀了孟楷，斩下他的首级。朱温一面派朱珍看好俘虏、守好城池，一面亲自和庞师古、张存敬、牛存节率5000士兵追击城外的孟楷军，他将孟楷的首级插在自己高耸的帅旗之上。剩余的孟楷军见主帅已死，便都四散逃命，朱温让士兵们高喊：“愿意投降的士兵留在原地不动，保证不杀。”一些士兵就当场投降了朱温，朱温率兵杀掉了逃跑的和不肯投降的士兵，怕他们回去成为黄巢的有生力量。朱温通过开封一战，缴获了大量的军械辎重和守城所需的粮草，还得到了一万五千人的俘虏，朱温的将士和这些俘虏原本就都在黄巢手下一起干过，都很熟识，很快就融入了朱温军队当中。他令人将孟楷的首级送到成都的朝廷，一面表示自己忠心唐朝社稷，要与黄巢血战到底，决不投降，一面向朝廷求援，请求朝廷派兵支援自己，彻底消灭黄巢。朝廷让开封附近的周岌、时溥率兵增援。

黄巢派兵攻占了河南的大部分城市，又命令尚让攻取了江苏徐州，和山东菏泽和济宁等地。等他听闻爱将孟楷兵败被杀，怒不可遏，大骂道：“朱温这叛徒，我要诛杀这头野猪，让世界再也没有猪瘟。”命令全军集合，包围开封。

朱温看见曾经的老领导黄巢，自己的心里有一丢丢微不足道的惭愧，更多的是惧怕，惧怕来自于城外15万的大军，也来自于曾经在黄巢军中对黄巢最原始的畏惧。但朱温深知，自己必须死守，等到援军到来，一旦城破，黄巢对自己的刻骨的恨意，自己的脑袋当酒器都是奢望，估计要当夜壶了。周岌、时溥奉命各率兵两万前来救援朱温，但是他俩也畏惧黄巢，只敢在开封城外百里的地方安营扎寨。

黄巢看见朝廷的两路大军畏缩不前，笑道：“普天之下，我只怕李克用一人，其余所有将领都不是我的对手，光凭我黄巢的名号，就足够吓住他们了。”命弟弟黄邺、黄揆各率5000兵马，分别盯住这周岌、时溥。自己和尚让、秦宗权率大军攻城。黄巢的军队6倍于朱温，黄巢想用最简单最直接最有效的人海战术来攻克开封城，黄巢军从四面八方同时攻城，攻城的器械密密麻麻，攻城锤足足有二十辆，攻城云梯100台，普通木梯500个，黄巢的士兵比开封的蚂蚁都多，一个接着一个的上梯子攻城，一轮齐射就有六七千支箭射向城墙上的守军。城上的朱温军队也用密集地弓箭回敬着黄巢的士兵，不断投下巨石和大木头，梯子上的黄巢士兵不断被硬生生的砸下去。第一次攻城，战斗持续了6个时辰，一直从天亮打到天黑，黄巢和朱温双方均损失惨重，只得明日再战。

深夜，城头上的朱温，看见黄巢的大军满面愁容，想到周岌、时溥的援军不敢救他，他知道这世上只有一个人能救自己于水火，那就是远在太原的李克用，他命传令兵一刻也不停歇地将自己的求援信送到李克用手中。

收复长安后，朝廷让各镇节度使领军回到了自己的辖区驻地，并没有再去追剿黄巢，李克用也回到了太原，认真经营自己在山西太原的根据地。李克用收到了朱温的求救信信，知道这是自己消灭黄巢、再立战功，复兴唐廷、封官进爵，扩充实力、树立威信的良好机会，当即率骑兵6000人，步兵44000人，共计5万大军前去开封救援朱温。

朱温每日与黄巢恶战，坚守城池，每天的胜利，再加上朱温的鼓励与画饼，将士们个个信心十足，决心与开封共存亡。黄巢率大军围困朱温有1个月了，粮食快吃完了，因为河南大旱，百姓也没有粮食。黄巢见从百姓处征收不到粮食，开动狠毒的大脑，想出了一个毫无道德，泯灭人性、残忍至极的主意，呢我就把百姓当粮食，便制作了一个巨大的石碾，每天把数千百姓放入石碾之中，把肉和骨头碾碎，将肉沫分发给将士当军粮。