唐太宗李世民排在凌烟阁中的二十四位功臣中，排在最后一位的就是隋末唐初的大将秦琼，秦琼，字叔宝，齐州历城（今山东省济南市历城区）人，隋朝大业年间，秦琼起初在隋朝将领来护儿的帐下任职做官，秦琼母亲去世时，来护儿专程派人前去吊唁，军士们对此感到非常奇怪，就问来护儿说：“士兵们战死和家中有丧事的人数不胜数，将军为何只为秦叔宝的家人吊唁呢？”来护儿回答说：“秦琼这个人骁勇彪悍，又向来有志向、有气节，将来一定能靠着自己的能力取得富贵，怎能把他当做和普通的士兵一样对待呢？”
隋朝大业十年（614年）十二月，涿郡的叛军首领卢明月率领十余万军队进攻祝阿（地名）地区，秦琼随同齐郡通守张须陀带兵前去征讨，当时张须陀所部所有人马加起来共一万余人，无法和卢明月的军队匹敌，张须陀在叛军营外六七里处安营扎寨，整顿兵马，等待时机，在与卢明月对峙了数十天后，眼看着粮草即将耗尽，形势十分不利，张须陀对将士们说：“卢明月看到我军撤退时必定会前来追击，等他们大军出动，军营内空虚之时，如果有人率领一千精兵前去袭营的话，我们一定能出奇制胜，只是这个行动实在凶险，不知诸位有谁敢去？”众将无人回应，只有秦琼和罗士信奋而请战。于是，张须陀让他们各自领兵一千人埋伏在芦苇丛中，自己率领大军佯装弃营撤军，之后，卢明月果然倾巢而出前来追击，秦琼和罗士信趁机发动偷袭，看到敌营寨门紧闭无法进入，二人便爬上门楼拔下叛军的旗帜，斩断门锁，让门外的士兵们进寨，一举纵火烧毁了卢明月大军三十多处营寨，卢明月眼看后方大营被端，急忙回救，趁卢明月匆忙回援之时，张须陀率主力掉头掩杀，前后夹击，大破卢明月，战败的卢明月仅率百余名骑兵逃走，其余部下皆被俘虏。此战之后，秦琼和罗士信一下就出名了，后来秦琼又随张须陀前往海曲征讨孙宣雅，立下先登之功，被封为授建节尉。
大业十二年（616年），秦琼追随张须陀征讨瓦岗军，结果瓦岗李密假装佯败后，将张须陀引诱到大海寺北林一带，展开伏击，张须陀身陷重围力竭战死，秦琼率领残余的隋军头投靠了据守虎牢的裴仁基。大业十三年（617年）四月，裴仁基因为和监军御史萧怀静不和，被李密成功招抚，裴仁基杀死了萧怀静后，以虎牢城向瓦岗军请降，秦琼随裴仁基归降瓦岗，李密非常高兴，任命秦琼为帐内骠骑，与程咬金等人一起统领八千内军。
大业十四年（618年），宇文化及在江都发动兵变杀死了隋炀帝杨广，而后，率领十余万骁果禁军向北返关中，李密为了避免腹背受敌，以进入东都洛阳辅政为条件，同意了瓦岗出兵攻打宇文化及的请求，随即瓦岗军和宇文化及的军队在黎阳开战，战斗从清晨一直持续到了黄昏，混战中李密被流箭射中后坠马昏厥，部下都纷纷逃散而去，几乎落入了追兵之手，幸亏秦琼拼死护卫，李密才得以脱险，李密得救后，秦琼收拢瓦岗溃军继续和宇文化及军力战，最终将宇文化及击退。瓦岗军虽然击败了宇文化及，但自身也元气大伤，然而李密在取得胜利后开始变得骄傲自负，不体恤手下的将士们，使得部下纷纷离心，同时，因为李密对王世充的蔑视，在扎营时不修筑壁垒工事，结果王世充趁机突然发动袭击，在邙山脚下大破李密，李密战败后惧怕瓦岗旧主翟让的旧部报复，仓惶西逃到长安投奔了李渊，秦琼被俘后投靠了王世充，被封为龙骧将军。
唐武德二年（619年），因为不耻于王世充奸诈的为人，秦琼与程咬金等人趁唐郑两军对阵时投奔了李唐，被唐高祖李渊安排到秦王李世民府上任职，李世民对秦琼的英勇早有耳闻，对他十分礼遇，授予了他马军总管的职位，随自己一同镇守长春宫。同年年底，宋金刚先后攻陷晋州、浍州，唐朝河东地区告急，李世民调动关中的兵马，带领领秦琼等人前往征讨，唐军经过龙门，踩着坚冰渡过黄河，在柏壁扎营与宋金刚对峙。这时候，永安王李孝基战败，唐俭、于筠等唐朝将领均被宋金刚麾下大将尉迟恭俘虏，在尉迟恭得胜后返回浍州的途中，李世民派秦琼、殷开山在美良川将他击破，斩杀敌军两千多人。武德三年（620年）四月，宋金刚军中的粮草耗尽，开始向北败走，李世民一路追击，宋金刚以残存的两万精兵出城，准备与李世民进行最后的决战，李世民派秦琼、程咬金、李勣攻打阵北，翟长孙、秦武通攻打阵南，在和宋军交战后假装后退，等宋金刚追来的时候，李世民亲自率领精骑兵冲杀宋金刚的后军，结果宋金刚大败，尉迟恭等人献出介休、永安二城后归降了唐朝。
在美良川击败尉迟敬德一战中，秦琼立功最多，李渊给了秦琼很多赏赐，并慰劳他说：“你不顾妻儿远道而来投奔我，如今又立下这样的大功，我的肉都可以割下来给你吃啊，更何况是赏赐一些奴仆和财物呢。”于是，李渊拜秦琼为秦王府右三统军，攻灭宋金刚以后，又加封秦琼为上柱国。同年七月，李世民率军进逼洛阳，准备攻打王世充，在这些战斗中，每次都以秦琼为先锋，征讨洛阳期间，李世民挑选了一只千余人的精锐骑兵部队，让他们身穿黑衣玄甲，分为左右队，由秦琼、程知节、尉迟敬德、翟长孙四人分别统领，每次作战时，亲自率领这些人马作为前锋使用，一路所向披靡、攻无不克，让敌人十分畏惧。
武德四年（621年），窦建德与王世充结盟后，率军驰援洛阳的王世充，李世民留下李元吉等人继续围困洛阳，自己带领秦琼等将领，分兵前往虎牢关抵御窦建德，李世民假装留下一千多匹战马在黄河北岸放牧，给窦建德造成了唐军草料将尽的假象，引诱窦建德出击，次日清晨，窦建德全军从板渚出牛口列阵，逼近汜水，向唐军挑战，李世民按兵不出，暗中召回战马，等到中午窦建德的士兵们感到疲惫，阵型骚乱后，才率军冲击敌阵，此时恰逢窦建德朝会群臣，听到唐军杀来的消息，窦建德军中一度慌乱，但稍作退却后很快发起了反击。诸军混战中，秦琼、程咬金、史大奈、宇文歆等人随李世民凿穿窦建德军中的大阵，来到敌阵后方升起唐军的军旗，让窦建德的军队误以为已经吃了败仗，立马军心涣散，大败溃逃，最终窦建德被俘，王世充在绝望之下也只能出城投降。在攻破窦建德的战都中，秦琼功劳又是最为突出，战后获封翼国公。窦建德被斩首后，他的旧将们因为惧怕唐朝报复，便拥立刘黑闼为王，继续起兵造反，仅仅在半年之内，就收复了窦建德往日失去的所有领土。秦琼随李世民再次前往河北平叛，武德五年（622年）二月，在刘黑闼在进军洺水途中，被秦琼击破。
武德九年（626年），在“玄武门事变”中，秦琼随李世民诛杀李建成、李元吉等人，后来秦琼经常生病，他对别人说：“我戎马一生，历经过的大小战斗有二百多场，屡受重伤，前前后后流的血能都有几斛多，怎么会不生病呢！”贞观十二年（638年），秦琼病逝，李世民特意下令在秦琼的墓前建造石人马，来表彰秦琼显赫的战功。
虽然在凌烟阁二十四位功臣中排名最后，但秦琼在民间的知名度却很高，在民间，过年时张贴门神的习俗由来已久，就是在过年的时候在自家门上贴上秦琼和尉迟恭的画像。据传，唐朝开国年间，泾河龙王为了和一个算命的先生打赌，结果犯了天条，罪该问斩，玉帝任命魏征为监斩官，泾河龙王为求活命，向唐太宗李世民求情，唐太宗答应了，到了斩龙的那个时辰，便宣召叫来魏征和自己下棋，没想到魏征下着下着，打了一个盹儿睡着了，于是，他的就魂灵升上了天，上天后，他的魂魄就把泾河龙王斩了，于是，龙王抱怨唐太宗李世民言而无信，日夜在宫外叫着要讨命，这导致李世民每天晚上都睡不好觉，秦琼上奏说道：“我愿意同尉迟敬德一起，夜间穿着战甲在您的门外守候。”李世民答应了。结果，那一夜果然无事，时间一长，唐太宗李世民也不忍心二位将军每天夜里辛苦的守在门外，便命人把两位将军的样子画下来，贴在了门上，这样，这个习俗就代代流传了下来，这两员大将也成为了千家万户的守门神，在夜间守护百姓们的平安。