谭泰屡次战败被满清摄政王多尔衮撤职，并将满蒙旗主力撤回至长江北岸。同时授命总督江南大学士洪承畴为统帅，负责守卫南直隶。

洪承畴独木难支，在钱谦益的牵线联络下，再度投降大明，朱由榔携带二十万大军与福建焦琏，郑成功部五万水路大军齐入南京，收复金陵，至此南方七省宣告光复。

朱由榔在南方大力整顿吏制，开海贸易，赚得上千万军饷，国库粮食充裕。

永历七年，永历帝命焦琏为征虏大将军、吴继嗣、郑成功、张煌言为副将军，率军三十万，北进中原。

北伐中发布谕中原檄，文告中提出“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的纲领，以此感召北方人民起来反清复明。

大军先取山东，撤除清军的屏障后，又进兵河南，切断它的羽翼，夺取潼关，占据清军的门槛，然后进兵北京，这时清军势孤援绝，双方在中原地带展开了一场大决战，清军统帅多铎阵亡，副帅阿济格被俘。十五万满蒙旗大军加绿营死伤过半，余者狼狈而逃。

满清摄政王多尔衮见大势已去，携带皇族与剩余的数万大军北上逃窜至关外，明军顺利收复北京，不到三月光复北方各省。

永历十年月，朱由榔再次亲统大军北上山海关，追击满清余部，在辽东沈阳展开决战，清军再次大败，多尔衮被俘杀，满洲皇室大半被俘，余部逃入漠北草原。

永历十二年，朱由榔命焦琏率领五万大军深入漠北草原追逐残敌，在丰州一带将满洲皇族一锅端了，生擒满酋顺治皇帝，孝庄太后。

永历十三年，朱由榔率二十万大军班师回朝，大赦天下，全书完。