清朝时期，黑龙江将军的辖区极为辽阔，覆盖了从毕占河到松花江，从外兴安岭到外蒙古车臣汗部游牧地的广大区域。南北横跨三千八百余里，东西绵延三千一百余里，总面积大约有一百一十万平方公里。在康熙十三年，即公元1674年，清政府选择在黑龙江左岸支流精奇里江口附近，也就是明代忽里平寨的旧址上，建起了一座名为瑷珲木城的城池，这就是我们所说的“旧瑷珲城”。同时，政府还将吉林乌拉的水师部分驻守在这里。到了康熙二十二年，即公元1683年的十月，清政府开始在这里实施屯田政策，并决定“建城永戍”。同年十二月，康熙皇帝下令，将宁古塔将军所辖的西北部地区划出，设立黑龙江将军一职，由宁古塔副都统萨布素担任首任黑龙江将军。起初，将军衙门设在瑷珲旧城。但由于该城位置偏远，与内地的交往多有不便，于是在江的西岸，原达斡尔族屯寨托尔加城的废墟上，清政府又修筑了瑷珲新城（即现在的黑河市爱辉镇）。到了康熙二十四年，即公元1685年，将军衙门便迁往了瑷珲新城。
清代黑龙江地区的最高长官是黑龙江将军，其官阶原为正一品，不过在乾隆三十二年（即1767年）的时候，这个官阶被调整为从一品，这意味着其地位虽然依然崇高，但相较之前稍逊一筹。
清朝政府在黑龙江地区实行了一种独特的治理方式，即设立黑龙江将军。这种制度在东北被称为军府制，将军不仅负责军事事务，还兼顾民政管理，可以说是军政一体。黑龙江将军的职权非常广泛，他主导着黑龙江地区的政治、军事和民政等各项重要事务，确保该地区的稳定和繁荣。
清朝的黑龙江将军管辖着约110万平方公里的辽阔地域，但由于地处遥远的北疆，那里初期并没有多少汉人开垦土地。在康熙和雍正年间，封禁政策尤为严格，只在黑龙江城（今黑河市）、墨尔根（今嫩江县）和齐齐哈尔等地设立了官庄，这标志着边境地区屯田的开始。在咸丰皇帝之前，黑龙江地区的汉人数量非常有限。据统计，1771年黑龙江的人口总数仅为35.3万人。直到1887年，人口数量也仅增长到40.7万人。但到了1907年，也就是光绪三十三年，黑龙江的人口数量迅猛增长到123.7万人，到了清朝末年，全省人口更是达到了300多万。
外兴安岭是清朝和沙皇俄国之间的边界地带，由于这里的气候异常寒冷，之前并没有多少军队在此驻守。然而，在雅克萨之战后，清朝意识到了北部边境的严重威胁。为了加强这一地区的防守，清朝借鉴了汉朝的屯田制度，开始在外兴安岭建立军事据点，这些据点都由黑龙江将军统管。但遗憾的是，这些驻军的数量实在有限。即使将汉军绿营部队和从吉林调来的少量江防水军兵力全部算上，黑龙江将军管辖的兵力在鼎盛时期也仅有2万人左右。而要知道，黑龙江将军的辖区范围高达110万平方公里，这意味着每平方公里仅有0.018个士兵，这样的兵力分布对于整个辖区来说，简直是杯水车薪，难以形成有效的防御力量。
《黑龙江驻防八旗兵额考述》记载，黑龙江将军在康熙时期统领的八旗精兵尚不足三千，到了乾隆初期，这个数字已增至八千五百五十七人。嘉庆年间，其麾下更是壮大到了一万一千四百三十二名八旗将士。而至同治年间，黑龙江将军所统领的八旗铁骑已多达一万二千六百二十六人。然而，尽管黑龙江将军管辖的范围辽阔，人口却相对稀少。黑龙江将军的部队全部由八旗军组成，除了身经百战的将士，还包括了工匠和少年养育兵，总人数超过一万。但即便如此，这些将士也随时可能被征调至各地参与战斗，比如在对抗太平军北伐的僧格林沁部队中，就可见到大量黑龙江八旗军的身影。然而，到了1853年以后，黑龙江的八旗军人数锐减，最多时也不超过五千人，且分散在黑龙江的六座城市和七十一座卡伦中。能够迅速调动的机动部队更是寥寥无几，不超过一千人。据清朝时期的资料记载，黑龙江将军辖下有前锋兵一百四十六人，领催兵七百四十八人，披甲兵九千二百一十三人，匠役兵一百五十二人，以及屯田兵八百人。
外兴安岭是我们中国东北方向的天然分界线，要是掌握了这个地方，就可以轻松向东北方向拓展，抵达东西伯利亚地区和阿拉斯加半岛。
在满清入关并征服中原的过程中，大约有一百多万东北人离开了家乡，这使得东北地区变得空旷无人，甚至有些地方几百里都见不到一个人影，几乎成了荒芜之地。就连最初的宁古塔将军，后来也迁移到了吉林市，变成了吉林将军。而黑龙江将军也是几经迁徙，从瑷珲旧城迁到瑷珲新城，再到墨尔根城，最后定居在齐齐哈尔城。这样一来，他们离北京是越来越近了，但离外兴安岭却越来越远。尽管如此，皇帝的命令还需要经过盛京将军、吉林将军，最后才能到达黑龙江将军的手中。为此，清政府还特地设立了驿站和驿道。如果黑龙江将军的衙门设在外兴安岭，那么运输武器、粮食和其他物资将会更加困难。再加上东北地区的气候严寒，人口稀少，如果大量驻军，很难在当地征收到足够的给养。所有的军需物资都得从内陆长途运输过去，这在清朝时期不仅成本高昂，而且开支巨大。因此，清朝政府很难在外东北地区维持一支规模庞大的军队。到了1858年，也就是清朝咸丰八年，清朝与沙俄再次签订了一份具有重大意义的条约——《瑷珲条约》。这份条约导致中国割让了黑龙江流域北面以及外兴安岭以南的广大领土，总面积高达60多万平方公里。自此，外兴安岭这片土地在清朝的版图上彻底消失。随后的《中俄北京条约》更是加剧了这一趋势，中国再次割让了黑龙江省乌苏里江以东的领土，包括库页岛，以及之前提到的外兴安岭与乌第河之间的地区，总面积约40万平方公里。直至今日，当我们提及外兴安岭等这些地名时，心中既有一种熟悉感，又伴随着一种陌生感。诸如尼布楚、雅克萨、海兰泡、伯力、庙街、海参崴、库页岛和尚塔尔群岛等地名，都成为了历史的见证。